13 vztahy: Ape (balíček programu R), Biologická systematika, Carl Linné, Evoluce, Fylogeneze, Parafyletismus, Pegas (balíček programu R), Phyloseq (balíček programu R), Phytools, Polyfyletismus, Poslední univerzální společný předek, R (programovací jazyk), Vědecká nomenklatura.
Ape (balíček programu R)
ape (zkratka pro anglický název Analysis of Phylogenetics and Evolution) je balík pro fylogenetické analýzy pro prostředí R. Tento balík poskytuje funkce pro čtení, psaní, kreslení a manipulaci s fylogenetickými stromy, vytváření konsensuálních stromů a výpočet druhových stromů (Species tree) z genových stromů (Gene tree), analýzy srovnávacích dat ve fylogenetickém rámci, analýzy rodových znaků, analýzy diverzifikace a makroevoluce, výpočty vzdálenosti z sekvencí DNA, čtení a psaní nukleotidových sekvencí stejně jako importování z BioConductoru či GenBank a několik nástrojů, jako je Mantelův test, generalizované panoramatické výkresy, grafický průzkum fylogenetických dat, odhad absolutních evolučních rychlostí a odhad míry speciace a extinkce pomocí birth-death modelu, datování stromů za použití ancient DNA, manipulaci se sekvencemi DNA a jejich překládání do sekvencí aminokyselin, vyhodnocení sekvenčního uspořádání stejně jako výpočet frekvencí jednotlivých nukleotidů.
Nový!!: Fylogenetika a Ape (balíček programu R) · Vidět víc »
Biologická systematika
Systematika (taxonomie) (z řec. slova systema) vědecky zkoumá druhy a druhovou diverzitu organismů a všechny vztahy mezi nimi.
Nový!!: Fylogenetika a Biologická systematika · Vidět víc »
Carl Linné
Carl Linné, po povýšení do šlechtického stavu nebo latinsky Carolus Linnaeus (23. května 1707 Råshult u Stenbrohultu, Švédsko – 10. ledna 1778 Uppsala) byl švédský přírodovědec a lékař, zakladatel botanické a zoologické systematické nomenklatury.
Nový!!: Fylogenetika a Carl Linné · Vidět víc »
Evoluce
alt.
Nový!!: Fylogenetika a Evoluce · Vidět víc »
Fylogeneze
Fylogeneze (z řec. fylé.
Nový!!: Fylogenetika a Fylogeneze · Vidět víc »
Parafyletismus
Znázornění parafyletismu Parafyletismus je takový stav člověkem definované skupiny organismů – taxonu, který zahrnuje společného předka, ale nezahrnuje všechny potomky skupiny (taxonu).
Nový!!: Fylogenetika a Parafyletismus · Vidět víc »
Pegas (balíček programu R)
pegas (zkratka pro anglický název Population and Evolutionary Genetics Analysis System) je balík pro fylogenetické analýzy pro prostředí R. Tento balík poskytuje funkce pro čtení, psaní, kreslení, analýzu a manipulaci s alelickými a haplotypickými daty včetně souborů VCF, a pro analýzu populačních nukleotidových sekvencí (jednonukleotidový polymorfismus, SNP) a mikrosatelitů (pro ně navíc balík obsahuje různé datasety, např. jaguárů) včetně koalescenčních analýz, populační struktury (Fst, Amova) a Hardyho-Weinbergovy rovnováhy (HWE), haplotypových sítí, minimálních koster stromu a sítí, stejně jako sítí podle algoritmu median-joining.
Nový!!: Fylogenetika a Pegas (balíček programu R) · Vidět víc »
Phyloseq (balíček programu R)
#PŘESMĚRUJ Phyloseq.
Nový!!: Fylogenetika a Phyloseq (balíček programu R) · Vidět víc »
Phytools
Phytools (rozříšený název zní phytools: An R package for phylogenetic comparative biology (and other things)) je soubor programů pro fylogenetické analýzy ve statistickém programovacím jazyku R.
Nový!!: Fylogenetika a Phytools · Vidět víc »
Polyfyletismus
teplokrevné živočichy Polyfyletismus je stav člověkem definované skupiny organismů, ve kterém se skupina nachází, pokud nezahrnuje společného předka a sestává z organismů z různých vývojových linií.
Nový!!: Fylogenetika a Polyfyletismus · Vidět víc »
Poslední univerzální společný předek
Fylogenetický strom života s hlavními větvemi vývoje Fylogenetický strom života. Uprostřed je LUCA Poslední univerzální společný předek (LUCA – last universal common ancestor) je hypotetický poslední společný předek všech organismů, z něhož se vyvinul veškerý dnešní život na Zemi.
Nový!!: Fylogenetika a Poslední univerzální společný předek · Vidět víc »
R (programovací jazyk)
R je programovací jazyk a prostředí určené pro statistickou analýzu dat a jejich grafické zobrazení.
Nový!!: Fylogenetika a R (programovací jazyk) · Vidět víc »
Vědecká nomenklatura
Vědecká nomenklatura nebo také vědecké názvosloví je mezinárodně dohodnutá, zpravidla latinsko-anglická soustava termínů používaných v každé konkrétní vědě nebo ve vědecké komunitě.
Nový!!: Fylogenetika a Vědecká nomenklatura · Vidět víc »